1938年，抗日名将冯玉祥随民国政府西迁到陪都重庆。作为国民政府军事委员会副委员长的他，十分尊重学者，在文化界拥有很多朋友。1940年，为了学习中国历史，冯玉祥请了着名的历史学家翦伯赞教授为其讲历史课。
当时，翦伯赞刚辞去了已南迁的北平民国大学教授，来到重庆，任“中苏文化协会”总会理事兼《中苏文化》副主编，同时担任冯玉祥的《中国通史》教师，并经常到陶行知的“育才学校”授课。他还在周恩来的直接领导下，在上层政治领域和文化教育界，做了大量统战工作。抗战8年，是翦伯赞一生史学研究的黄金时期。在此期间，他出版了《历史哲学教程》、《史料与史学》、两册《中国史论集》和《中国史纲》的“先秦卷”和“秦汉卷”等名着。
翦伯赞给冯玉祥讲课时，总是广征博引，妙趣横生，且能以古喻今，深入浅出，很受冯玉祥的欢迎。冯玉祥听得入了迷，让他的随从人员也都来听。有一天，蒋介石到了冯玉祥的住处，看见客厅内聚集了不少人，一直提防冯玉祥的蒋介石很敏感，以为冯玉祥在开什么“黑会”，顿露不悦之色。
看到蒋介石不期而至，冯玉祥连忙站起来对蒋介石说，“今天是我请翦伯赞教授给我们讲历史课。”说着便拉着翦伯赞的手，将之介绍给蒋介石。蒋见此情，连声说：“好，好，好，你继续讲，今天我也是来听你讲课的。”
谁知翦伯赞却慢吞吞地说：“对不起，现在已经到了下课时间。”在座的人听了这话，纷纷夹着笔记本走出了客厅。蒋介石碰了一鼻子灰，十分尴尬。
翦伯赞的学者风骨由此可见一斑。上世纪40年代，面对国民党的刀丛箭簇，翦伯赞愤言：“暴力对于学术是没有用的，真正的学术，决不会服从刀剑的指挥，更不会变成政治的婢女。”又说：“不管时代如何苦难，我总是走自己的路。”翦伯赞治学严谨，造诣很深，至今仍为史学界所推崇。他与郭沫若、范文澜、吕振羽、侯外庐一道，被尊为马列主义新史学“五名家”。
同为史学名家的侯外庐对翦伯赞的辞章赞不绝口，在回忆录中说到：伯赞的口才和文才都很不凡。伯赞的文章以优美潇洒见称于世。那文采，最反映他的风格。他献给读者的历史着作，篇篇读来都能朗朗上口。连以自负着称的大诗人柳亚子也感慨地称赞翦伯赞：“翦生才调太遮奢？问是文家是质家？”
翦伯赞的学者风骨在建国之初再次显露，这一次是针对自己的顶头上司马寅初。上世纪50年代初，毛泽东号召青年要做到三好：身体好、学习好、工作好。北京大学校长马寅初就多次向学生介绍自己锻炼身体的经验：爬山和淋浴。马老每天下午驱车到颐和园万寿山脚下，然后攀至佛香阁；每天淋浴时变换水温，由热至凉、再转热。
马寅初后来还将这健身的经验写成文字，送到北大学报编辑部。当时学报主编翦伯赞却婉拒了这篇稿子，说北大学报是要同外国着名大学交换的，这稿学术性不太够，发表后影响不大好，马寅初听罢只得作罢，只是自言自语地说了两句：毛主席讲实践是检验真理的标准，我这些都是自己实践得来的，怎么不是学术？
一个学报主编敢拒绝校长的稿子，而校长竟然也不以为忤，一时传为学界美谈。
新中国成立后，翦伯赞被任命为中央人民政府政务院文化教育委员会委员和中央民族事务委员会委员。起初任燕京大学社会学系教授。1952年全国高校院系调整后，翦伯赞转到北京大学，任历史学系教授兼系主任长达16年，任北大副校长6年。
文化大革命前，作为历史学界历史主义派主帅的翦伯赞，研究了古代的许多历史事件，励志，影响甚大。因其所持的历史观点与毛泽东观点相左，以及反对姚文元对吴晗的《海瑞罢官》的批判，1960年代后期，翦伯赞即被批判。文化大革命初，被当作“反动学术权威”，被扣上“反对马克思主义”的帽子，备受肉体摧残，人格凌辱。毛泽东曾于中共八届十二中全会上发出“最高指示”特别提到“对北京大学的翦伯赞、冯友兰要给出路”，但在那个混乱的年代，“翦伯赞专案组”依然对翦伯赞进行了逼供，要求他证明1935年刘少奇与国民政府谈判时有变节行为。于是，令人扼腕的悲剧发生了，翦伯赞于1968年12月18日夜，与妻子双双吃下大量安眠药自杀身亡。死时口袋内有两张纸条，一张说实在没有什么可交待的；一张三呼毛主席万岁。
毛泽东听到翦伯赞自杀的消息，极为震怒。他所指示的给翦伯赞“出路”，不是出自同乡情谊，也不是只针对翦伯赞一个人，而是要通过这个典型，给整个知识分子以“出路”。谁知翦伯赞不堪专案组之辱，而撒手人寰。毛泽东把时任北京市革命委员会主任、北京军区政委、北京卫戍区第一政委的谢富治叫去，狠狠地训斥了一顿，在场的周恩来也训斥了谢富治。而负责军管北京的这个军也被调往外地。
